(duda de arranque) Windows y linux en distindos HD`s

Me gustaria aclarme unas duda antes de instalar Linux en mi ordenador. Tengo dos discos duros cada uno de 160 gb, y me gustaría tener en un Disco Duro el windows, y en el otro el linux, ahora bien lo de la instalación está claro, pero si antes de entrar a uno de los dos S.O. para elegir cual quiero "procesar"como lo haría através de la BIOS todo el rato o no abría algun programilla para elegir alguno de los dos sin tener que ir directamente a la BIOS.
No se si me he explicado bien, pero espero que lo ayais entendido.
Porlo que oido solo se podria si lo hago mediante una partcición, pero yo lo quiero en distintos HD y que un programa antes de arrancar ninguno me de la opción de cual de los dos S.O quiero arrancar.
Muchas gracias por adelantado.
Salu2